答：您好，据个人了解，主要不同之处在于(1)额度(2)贷款利率(3)流程；
(1)额度
商业贷款：第一套房首付需要至少3成，第二套房需要首付至少6成，第三套房停贷。(要求收入证明开到每月还款额的两倍)
公积金贷款：第一套房首付需要3成(装修'>北京的情况是90平米以下的普通住宅可以2成)，第二套房需要首付至少6成(每个省份都有公积金贷款额度的限制。)，第三套房停贷。
(主要指的是住宅，商住不分一套二套，一律首付至少五成)。
(2)贷款利率
目前商业贷款的基准利率是：6.55，商业贷款分为等额本金和等额本息两种还款方式，简单来说，等额本息就是每月还款数额是一样的，等额本金就是每个月约还越少，但最开始压力很大。
公积金贷款的基准利率是：4.5
(3)贷款流程
商业贷款的流程是：双方签订买卖合同-评估-银行面签-批贷-过户-抵押登记-放款
公积金贷款的流程是：双方签订买卖合同-评估-公积金管理中心初审-面签-过户-放款-抵押登记办理