MYB转录因子基本信息

中文名称	MYB转录因子	类    型	含有MYB结构域
MYB结构域	约51-52个氨基酸的肽段	分子结构	每隔约18个氨基酸规则间隔

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MYB转录因子常见问题

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拟南芥WRKY62转录因子在水杨酸拮抗茉莉酸信号通路中的功能研究概述

副题名

外文题名

论文作者

毛鹏著

导师

李毅指导

学科专业

学位级别

d 2007n

学位授予单位

北京大学

学位授予时间

2007

关键词

植物基因工程 基因转录 拮抗作用 拟南芥 水杨酸 茉莉酸

LncRNA:lncRNA作为“支架”复合物进行 转录调控

看点：lncRNA Hotair作为“支架”与LSD1/HBXIP/c-Myc形成的复合物激活c-Myc从而促进其靶标的转录表达。

关键词：

RIP：RNA Binding Protein ImmunopreCIPitation Assay，RNA结合蛋白免疫沉淀，是研究细胞内RNA-蛋白复合物的技术，是通过RNA结合蛋白的抗体孵育细胞蛋白提取液来获取RNA-蛋白复合物，后续一般通过qRT-PCR方法检测RNA-蛋白复合物中的RNA序列。

ChIP: 染色质免疫沉淀技术（ChIP，Chromatin Immunoprecipitation Assay）使用转录复合体相关蛋白的抗体，通过与细胞核裂解物孵育共沉淀DNA-蛋白质-RNA转录复合物，后续通过qPCR技术检测DNA片段，确定转录复合体结合的基因组DNA序列。

Co-IP:免疫共沉淀技术（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是通过蛋白结合蛋白的抗体孵育细胞蛋白提取液来获取蛋白-蛋白复合物，后续一般通过WB方法，银染后质谱分析检测蛋白-蛋白复合物中的蛋白种类。

c-Myc：c-Myc基因是myc基因家族的重要成员之一，c-Myc基因既是一种可易位基因，又是一种多种物质调节的可调节基因，也是一种可使细胞无限增殖，获永生化功能，促进细胞分裂的基因，c-Myc基因与多种肿瘤发生发展有关。

LSD1: 可以脱去组蛋白甲基化的一类酶。

结论：

1. HBXIP/c-Myc与lncRNA Hotair有相互作用。

2. LSD1是通过lncRNA Hotair为“支架”与HBXIP/c-Myc相互作用。

3. c-Myc调控HBXIP/lncRNA Hotair表达且呈正相关。

4. HBXIO/lncRNA Hotair调控CyclinA，elF4E，LDHA且呈正相关。

5. lncRNA Hotair为“支架”与LSD1/HBXIP/c-Myc形成的复合物激活c-Myc表达从而促进CyclinA，elF4E，LDHA转录表达。

结果展示如下：

A: MCF-7细胞系分别转染siControl与siHotair处理后蛋白提取液中加入RNA酶抑制剂，通过c-Myc和HBXIP的flag蛋白标签进行Co-IP(免疫共沉淀)WB检测敲减lncRNA Hotair后c-Myc或HBXIP与LSD1的相互作用影响。实验结果发现：

与Flag-c-Myc+siControl对照组比较Flag-c-Myc+siHotair的实验组中被免疫沉淀下来的LSD1蛋白量显著减少； 与Flag-HBXIP+siControl对照组比较Flag-HBXIP+siHotair的实验组中被免疫沉淀下来的LSD1蛋白量显著减少。

实验证明了：LSD1通过lncRNA Hotair为“支架”与HBXIP或c-Myc相互作用的。

B：在T47D与MCF-7细胞系中分别进行针对HBXIP和c-Myc蛋白的RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀) ，后续通过qPCR检测lncRNA Hotair。实验数据得到：与IgG比较HBXIP或c-Myc显著富集lncRNA Hotair。

实验证明了：HBXIP/c-Myc与lncRNA Hotair有相互作用关系。

C：在MCF-7细胞系中敲减c-Myc/HBXIP后，转入外源的Flag-HBXIP/c-Myc融合蛋白，通过Flag标签蛋白进行RIP(RNA结合蛋白免疫沉淀)qPCR检测lncRNA Hotair（IgG作为阴性对照）。实验数据分析后得到：

Flag-HBXIP+siControl对照组与Flag-HBXIP+sic-Myc组比较富集到lncRNA Hotair百分比没有显著的差别， 而与Flag-c-Myc+siControl对照组比Flag-c-Myc+siHBXIP组富集到lncRNA Hotair百分比显著降低。

实验证明了：HBXIP与lncRNA Hotair相互作用而c-Myc没有直接与lncRNA Hotair相互作用，暗示着c-Myc与HBXIP相互作用间接与lncRNA Hotair作用。

D：在MCF-7细胞系中分别共转染pCMV, pCMV-c-Myc,pcDNA-Hotair,siHotair, siHBXIP,siControl进行过表达/敲减实验等，分pCMV+siControl，pCMV-c-Myc +siControl，pCMV-c-Myc+ siHotair，pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siControl与pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siHBXIP组进行LSD1的ChIP(染色质免疫沉淀技术)实验检测LDHA（c-Myc的靶基因）启动子区，通过实验数据分析得到：

pCMV+siControl与pCMV-c-Myc +siControl组比较，过表达c-Myc后显著增强LSD1与LDHA启动子区的结合； pCMV-c-Myc +siControl与pCMV-c-Myc+ siHotair组比较，敲减lncRNA Hotair后LSD1与LDHA启动子区的结合能力显著下降。 pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siControl与pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siHBXIP组比较敲减HBXIP后LSD1与LDHA启动子区的结合能力显著下降。

实验证明了：HBXIP/lncRNA Hotair招募LSD1后共同激活c-Myc作用于LDHA靶基因的启动子。

E-F:在MCF-7细胞系中分别共转染pCMV, pCMV-c-Myc,pcDNA-Hotair,siHotair, siHBXIP,siControl进行过表达/敲减实验等，分pCMV+siControl，pCMV-c-Myc +siControl，pCMV-c-Myc+ siHotair，pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siControl与pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siHBXIP组。

E：qPCR检测c-Myc,HBXIP,l ncRNA Hotair,CyclinA,elF4E,LDHA的mRNA表达水平。

F：WB检测c-Myc,HBXIP, CyclinA,elF4E,LDHA蛋白表达水平情况。

实验数据结果为：

与pCMV+siControl组比较过表达c-Myc后c-Myc的mRNA与蛋白表达水平显著增高，且不受HBXIP或lncRNA Hotair的表达影响； 与pCMV+siControl组和pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siHBXIP组比较过表达c-Myc后HBXIP的mRN与蛋白表达水平显著提高但与lncRNA Hotair的表达量无关。 与pCMV+siControl组和pCMV-c-Myc+ siHotair组比较过表达c-Myc后lncRNA Hotair的表达水平显著提高。 pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siControl与pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siHBXIP组跟pCMV-c-Myc +siControl比较过表达lncRNA Hotair后lncRNA Hotair的表达显著升高，但与HBXIP的表达量无关。 与pCMV+siControl组和pCMV-c-Myc+ siHotair组比较，过表达c-Myc后CyclinA,elF4E,LDHA的mRNA和蛋白表达水平都显著提高，敲减lncRNA Hotair后CyclinA,elF4E,LDHA的mRNA和蛋白表达水平都显著降低。 pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siControl与pCMV-c-Myc+ pcDNA-Hotair+ siHBXIP组比较，敲减HBXIP后CyclinA,elF4E,LDHA的mRNA和蛋白表达水平都显著降低。

实验证明了：c-Myc调控HBXIP与lncRNA Hotair表达且呈正相关，HBXIO/lncRNA Hotair调控CyclinA，elF4E，LDHA且呈正相关。

材料来源：Cancer Research 2016

HBXIP and LSD1 Scaffolded by lncRNA Hotair MEDIate Tranional Activation by c-Myc

FIG5 ncRNA Hotair scaffolds HBXIP and LSD1 in the complex to activate the c-Myc–induced tranion.

顺式作用元件与反式作用因子关系

顺式作用元件:真核生物中没有操纵子，调节基因中调控序列有许多能结合调控蛋白的元件叫顺式作用元件，它们往往与结构基因保持一定的距离。

反式作用因子:指和顺式作用元件结合的可扩散性蛋白，包括基础因子，上游因子，诱导因子。

真核生物的转录调控是调控的最重要的途经，大多是通过顺式作用元件和反式作用因子复杂的相互作用而实现的。顺式作用元件(cis-actingelement)存在于基因 旁侧序列中能影响基因表达的序列，它们的作用是参与基因表达的调控，本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。启动子存在着很多顺式元件，可分为以下四种类型:①核心启动子成分，如TATA框;②上游启动子成分，如CAAT框，GC框，ATF结合位点;③远上游元件:如增强子，沉默子等;④特殊启动子成分:如淋巴细胞中的Oct(octamer)和κB。这些元件都为不同的转录因子及蛋白质识别和结合来调节转录。

反式作用因子(trans-actingfactor)通过以下不同的途经发挥调控作用:蛋白质和DNA相互作用;蛋白质和配基结合;蛋白质之间的相互作用以及蛋白质的修饰。参与基因表达调控的因子,它们与特异的靶基因的顺式元件结合起作用。编码反式作用因子的基因与被反式作用因子调控的靶序列(基因)不在同一染色体上。反式作用因子有两个重要的功能结构域:DNA结合结构域和转录活化结构域,它们是其发挥转录调控功能的必需结构。反式作用因子可被诱导合成,其活性也受多种因素的调节。同一类序列特异性的反式作用因子由多基因家族所编码。

与转录水平调节的反式作用因子通常可分为四大类(RobertG.Roeder，2004):①RNA聚合酶;②和RNA聚合酶相联系的普遍性转录因子(generaltranscriptionfactor，GTFs)它们结合在靶基因的启动子上，形成前起始复合物(pre-initiationcomplex，PIC)，启动基因的转录;③特异性转录因子(gene-speCIFic(DNA-binding)regulatoryfactors)(如激活因子和抑制因子)，一类与靶基因启动子和增强子(或沉默子)特异结合的转录因子，具有细胞及基因特异性，可以增强或抑制靶基因的转录;④种类多样的协调因子(coregulatoryfactors)，要么改变局部染色质的构像(如组蛋白酰基转移酶和甲基转移酶)，对基因转录的起始具有推动作用，要么直接在转录因子和前起始复合物之间发挥桥梁作用(如中介因子(Mediator))，推动前起始复合物(PIC)形成和发挥作用。包括:

1、螺旋转角螺旋(Helix-turn-helix):有2个螺旋，螺旋2是识别和DNA结合，一般结合于大沟;螺旋1和其它蛋白质结合。两个螺旋由一个转角链接。

2、锌指结构:锌指(zincfimger)这个名称来源于它的结构，它由一小组保守的氨基酸和锌离子结合，在蛋白质中形成了相对独立的功能域，像一根根手指伸向DNA的大沟。两种类型的DNA结合蛋白具有这种结构，一类是锌指蛋白，另一类是甾类受体。

3、亮氨酸拉链(Leucineziipper)两个蛋白之间相互作用共同建立一个转录复合体，在一系列转录因子中发现的一种模体涉及两个相同和不同的部分构成。亮氨酸拉链是一种富含亮氨酸的蛋白链形成的二聚体模体。它本身形成二聚体同时还可以识到特殊的DNA序列。一个亲水的α-螺旋在其表面的一侧有疏水基因(包括亮氨酸)，另一侧表面带有电荷。

4、螺旋一环一螺旋(HLH)

5、同源异形结构域(Homeodomains，HD):同源异形盒(hoomeobox)是一种编码60aa的序列，长180bp，几乎存在于所有真核生物中。

备注：数据仅供参考，不作为投资依据。