来源于《周易》。周易中64卦，以乾卦为首，而乾卦也是帝王的代表。乾卦六爻皆为阳，乃极阳、极盛之相，第五爻称为九五，九代表此爻为阳爻，五为第五爻的意思。九五是乾卦中最好的爻，乾卦是六十四卦的第一卦，因此九五也就是六十四卦三百八十四爻的第一爻了，成为了帝王之相。

“九五”一词来源于《易经》。现在流传下来的《易经》版本据说为周文王所演，因此也称为《周易》。《周易》六十四卦的首卦为乾卦，乾者象征天，因此也就成了代表帝王的卦象。乾卦由六条阳爻组成，是极阳、极盛之相。从下向上数，第五爻称为九五，九代表此爻为阳爻，五为第五爻的意思。九五是乾卦中最好的爻，乾卦是六十四卦的第一卦，因此九五也就是六十四卦三百八十四爻的第一爻了，成为了帝王之相。这里的“九”本不是具体的数字，而是判别数字阴阳属性的符号。后来人们把“九”和“五”作为具体的数字来运用，一来是为了契合代表帝王的“九五”之爻；再者，“九”和“五”两个数字在建筑上的使用也是非常符合美学原则的。《周易》的释义词句有“乾道变化，各正性命，保合太和，乃利贞”，太和殿名字的由来据说就源于此。《周易》是中国最古老的经典之一，历来被尊为六经之首，对中华民族的各个领域都有深远影响，因此“九五”一词来源于《周易》之说应比较可信。

还有一种简单的说法是：中国古代把数字分为阳数和阴数，奇数为阳，偶数为阴。阳数中九为最高，五居正中，因而以“九”和“五”象征帝王的权威，故称之为“九五之尊”。

第三种说法则与中国的龙脉有关。相传中国有十四条龙脉，九条山龙与五条水龙。山龙分别是天山、昆仑山、峨眉山、秦岭、太行山、长白山、恒山、泰山、衡山，也就常说的四山五岳。五条水龙分别是黑龙江、黄河、淮河、长江、珠江。中华的龙脉是源于昆仑山，昆仑山被称为万山之祖，山龙主贵贱，水龙主贫富。十四条龙脉九条山龙和五条水龙，构成了整个中国的龙脉地图，因此皇帝被称为九五之尊。